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Ontotext GraphDBのデスクトップ版を使用した際の空きディスク容量不足への対処

Ontotext GraphDBのデスクトップ版を使用した際の空きディスク容量不足への対処

概要 Ontotext GraphDBのデスクトップ版を使用した際、 https://www.ontotext.com/products/graphdb/ 空きディスク容量不足により、データのインポートなどができないことがありました。 File not loaded; Insufficient disk space to start a transaction for repository ‘xxx’ due to: The repository ‘abc’ is critically low on free disk space with 4.6% (xxx GB) free left 本記事では、この問題への一時的な対処方法の一例を紹介します。 マニュアル 以下に記載がありました。 https://graphdb.ontotext.com/documentation/11.0/low-disk-space-health-checks.html Claudeによる回答は以下でした。 GraphDB 11.0では新しいヘルスチェック機構が追加されており、これが従来の設定を上書きしています: Fatal状態: 5%または1GB以下で発動 現在の状況: 4.6%なのでFatal状態 結果: 新しいトランザクションが完全に阻止される 対応 以下のようなgraphdb.propertiesを新規に作成して、ヘルスチェック機構を無効化するオプションを追加しました。 # GraphDB 11.0 の新しいヘルスチェック機構を無効化 graphdb.health.minimal.free.storage.enabled=false graphdb.health.minimal.free.storage.asyncCheck=false そして、GraphDBを再起動します。結果、System Informationに設定が反映され、冒頭のエラーが解消しました。 まとめ 空きディスク容量不足に関する根本的な原因を解決すべきかと思いますが、一時的な対応として参考になりましたら幸いです。

AllegroGraphを使ってみる

AllegroGraphを使ってみる

概要 AllegroGraphを使ってみる機会がありましたので、備忘録です。 https://allegrograph.com/ 使い方 いくつかのセットアップ方法があるようですが、以下のクラウド版を利用してみます。 https://allegrograph.cloud/ セットアップ後、以下のように表示されます。 ログイン後、複数のRepositoriesが表示されます。 匿名アクセスを可能にする 例えば、リポジトリ「actors」のSPARQLエンドポイントは以下です。 https://ag1edt2www58hzzy.allegrograph.cloud/repositories/actors/sparql デフォルトでは、Basic認証がかかります。 そこで、anonymousユーザを作成します。ユーザ名を「anonymous」にすることで、パスワードの入力をスキップできました。 公式の説明は以下に記載があります。 https://franz.com/agraph/support/documentation/managing-users.html#anonymous-access そして、「actors」リポジトリへのREADを許可します。 この設定により、指定したリポジトリへ認証なしでアクセスできるようになります。以下は、yasguiでアクセスした例です。 https://yasgui.org/#query=PREFIX+rdf%3A+<http%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F1999%2F02%2F22-rdf-syntax-ns%23> PREFIX+rdfs%3A+<http%3A%2F%2Fwww.w3.org%2F2000%2F01%2Frdf-schema%23> SELECT+*+WHERE+{ ++%3Fsub+%3Fpred+%3Fobj+. }+ LIMIT+10&contentTypeConstruct=text%2Fturtle&contentTypeSelect=application%2Fsparql-results%2Bjson&endpoint=https%3A%2F%2Fag1edt2www58hzzy.allegrograph.cloud%2Frepositories%2Factors%2Fsparql&requestMethod=POST&tabTitle=Query&headers={}&outputFormat=table リポジトリを追加してみる 「my_first_repository」というリポジトリを追加しました。RDFファイルを登録してみます。 校異源氏物語テキストDBで使用している以下のRDFファイルを登録してみます。 https://github.com/kouigenjimonogatari/kouigenjimonogatari.github.io/blob/master/files/rdf/item_sets.rdf 登録時に、Graph URIを任意項目として登録することができます。入力例にしたがって、以下のように入力しました。 エクスポートする 「Repository Control」の「Archiving」からエクスポートできます。 「N-Quads」を選択して、エクスポートした結果が以下です。トリプルに加えて、先ほど登録したGraph URIが出力されていることが確認できます。 <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/item_sets/31.json> <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type> <https://jpsearch.go.jp/term/type/作品> <http://example.org> . <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/item_sets/31.json> <http://purl.org/dc/terms/relation> <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/tei/31.xml> <http://example.org> . <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/item_sets/31.json> <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/property/vol> "31"^^<http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer> <http://example.org> . <https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/item_sets/31.json> <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> "まきはしら" <http://example.org> . ... SHACL Shapesを管理する Generate SHACL Shapesボタンを押すと、SHACLファイルが作成されます。 以下のようなJSONが作成されました。 { "@context": { "ns2": "https://jpsearch.go.jp/term/type/", "ns1": "http://www.w3.org/ns/shacl#", "rdf": "http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" }, "@id": "ns2:WorkShape", "ns1:targetClass": "https://jpsearch.go.jp/term/type/Work", "ns1:property": [ { "ns1:nodeKind": "sh:IRI", "ns1:path": "rdf:type", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 }, { "ns1:nodeKind": "sh:IRI", "ns1:path": "dcterms:relation", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 }, { "ns1:nodeKind": "sh:IRI", "ns1:path": "rdfs:seeAlso", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 }, { "ns1:nodeKind": "sh:IRI", "ns1:path": "https://w3id.org/kouigenjimonogatari/api/property/vol", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 }, { "ns1:nodeKind": "sh:IRI", "ns1:path": "dcterms:rights", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 }, { "ns1:nodeKind": "sh:literal", "ns1:datatype": "xs:string", "ns1:path": "rdfs:label", "ns1:minCount": 1, "ns1:maxCount": 1 } ], "@type": "ns1:NodeShape" } Queryを投げてみると、SHACLに関するトリプルも登録されていました。 ...